そのデータちゃんとファイルに書けてますか？

Ext3のコミット間隔を当てにしたアプリケーションは、Ext4でデータロスの恐れあり - スラッシュドット・ジャパン

OSクラッシュしたときにドットファイルが空になるという話。
今までもあった現象だが、コミット間隔がext4で長くなったことにより表面化。

「closeしたらHDDに書き込まれる」とか思って無いかい？
完全に保証するには、fsyncとか、renameとか考えること多いよと。